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Sergej Adamowitsch Kowaljow wurde am 2. März 1930 in Seredina-Buda in der Region Sumy in der Ukraine geboren, war aber der Nationalität nach Russe. Nach Schulabschluß studierte Kowaljow Biologie an der Staatlichen Moskauer Universität mit den entsprechenden Abschlüssen, darunter Kandidat der biologischen Wissenschaften (vergleichbar Doktorgrad).
In den folgenden Jahren arbeitete er als Biologe in einem Forschungslaboratorium der Moskauer Universität. Schon 1956 bekam Kowaljow Ärger mit dem KGB, als er und Freunde auf dem Puschkin-Platz in Moskau gegen die Intervention in Ungarn protestierten. 1967 begann Kowaljow als Mitstreiter und Freund Andrej Sacharows sich aktiv für die Beachtung der Menschenrechte einzusetzen, begrüßte 1968 den "Prager Frühling” und beteiligte sich 1969 an der Gründung der ersten Menschenrechtsorganisation in der Sowjetunion, der "Initiativgruppe für Menschenrechte”, gehörte zu ihren aktivsten Mitgliedern und wurde Herausgeber der Samisdat-Publikation "Chronik der laufenden Ereignisse”, die - im Untergrund erscheinend - Verletzungen der Menschenrechte dokumentierte und anprangerte.

Als erste Repressionsmaßnahme verlor Kowaljow 1970 seine Anstellung im Forschungslaboratorium. Vier Jahre später - Ende 1974 - wurde er wegen "antisowjetischer Agitation und Propaganda” verhaftet und zu sieben Jahren Gefängnis und drei Jahren Lagerhaft verurteilt. Die zehn Jahre Haft im Nordosten Sibiriens haben Kowaljows Gesundheit nachhaltig beschädigt. Nach Ende der Haftzeit wurde ihm die Rückkehr nach Moskau verweigert und die Stadt Kalinin (heute wieder Twer) als Zwangsaufenthalt zugewiesen.

Im Zuge der Perestrojka des sowjetischen Präsidenten Gorbatschow durfte neben Sacharow auch Kowaljow 1987 nach Moskau zurückkehren. Dort schloss er sich der Menschenrechtsgruppe des Internationalen Fonds für Überleben und Entwicklung der Humanität an.

Er gründete im Jahr 1987 die russische Bürgerrechtsbewegung „Memorial“ und war lange Vorsitzender dieser Organisation, die sich unter anderem der historischen Aufarbeitung der Repressionen in der Sowjet-Ära sowie Menschenrechtsfragen widmet. Dafür wurde er im Jahr 2009 mit dem Sacharow-Preis des EU-Parlaments ausgezeichnet.

Beruflich arbeitete er bis 1990 als Wissenschaftler am Institut für Probleme des Informationstransfers der Akademie der Wissenschaften der UdSSR. 1990 wurde er auch in den Obersten Sowjet der Russischen Föderation gewählt und dort Vorsitzender des Komitees für Menschenrechte. 1991 wirkte er als Ko-Vorsitzender der sowjetischen Delegation bei einer Konferenz der KSZE in Moskau. 1990 bis 1993 leitete er die russische Delegation bei der UN-Kommission für Menschenrechte in Genf.

In der Innenpolitik Russlands stand Kowaljow lange auf der Seite des russischen Präsidenten Boris Jelzin, begrüßte den Widerstand Jelzins gegen den Putschversuch orthodoxer Kräfte im August 1991, hatte aber schon im Oktober 1993 Vorbehalte gegen das gewaltsame Vorgehen gegen das von Gegnern Jelzins (Ruzkoj und Chasbulatow) besetzte Parlament der russischen Föderation Anfang Oktober 1993.
Auch nach der Duma-Wahl im Dezember 1993 stand er als Abgeordneter der radikaldemokratischen Parlamentsfraktion "Rußlands Wahl” (Gaidar u. a.) noch hinter der Politik Jelzins. Im Sommer 1994 ernannte ihn Präsident Jelzin zum Leiter der Menschenrechtskommission der Regierung, gewissermaßen - wie Kerstin Holm in der FAZ (04.01.1995) schrieb - als "Ausgleich” für Jelzins Ukas zur Verbrechensbekämpfung, der russischen Polizeikräften weitreichende Vollmachten gewährt und deshalb von demokratischen Politikern heftig kritisiert wurde.

Das militärische Vorgehen Russlands gegen die abtrünnige Kaukasus-Republik Tschetschenien ließ Kowaljow gegen Jahresende 1994 zum engagierten Kritiker des Präsidenten werden. Zunächst hatten Anfang Dezember 1994 Gegner des Tschetschenien-Präsidenten Dudajew unter Führung des Oppositionspolitikers Awturchanow (Präsident eines so genannten Provisorischen Rats), insgeheim unterstützt von russischen Flugzeugen und Soldaten, vergeblich versucht, Präsident Dudajew (früherer sowjetischer Luftwaffengeneral und als Mafia-Boss denunziert) zu stürzen, scheiterten aber an entschlossenem Widerstand der Anhänger Dudajews. Am 11. Dezember 1994 begann nach einem Ultimatum der Angriff regulärer russischer Truppen auf die für die Ölwirtschaft wichtige (große Raffinerien) Kaukasus-Republik mit Panzern und Bombenflugzeugen.
Selbst das russische Fernsehen übertrug verheerende Bilder der Zerstörung von Wohnvierteln und Opfern unter der Zivilbevölkerung, doch kam der Angriff entgegen Prognosen des Militärs nur schleppend voran. Jelzins Entscheidung, im Interesse der Wahrung staatlicher Einheit "illegale Einheiten mit allen zur Verfügung stehenden Mitteln zu entwaffnen”, stieß in Moskau zunehmend auf Kritik und Ablehnung und provozierte unerwartet heftigen Widerstand mit hohem Blutzoll an Kämpfern auf beiden Seiten.

Kowaljow begab sich mit weiteren Duma-Abgeordneten einige Wochen nach Grosny, "sammelte Zeugenaussagen und Material über Menschenrechtsverletzungen, zählte die Toten, zeichnete die Leiden der Lebenden und inspizierte Bombenkrater und Einschußlöcher” (ZEIT; 13.01. 1995). Er wies Behauptungen, die Tschetschenen würden Bombenangriffe und Brandstiftungen selbst inszenieren, um die russischen Truppen in Verruf zu bringen, als Lüge zurück. Ungeachtet persönlicher Gefährdung blieb Kowaljow auch nach der Abreise seiner Begleiter zunächst im Kampfgebiet und brandmarkte nach seiner Rückkehr in Moskau öffentlich und im Gespräch mit Präsident Jelzin das barbarische Vorgehen des Militärs und sinnloses Blutvergießen und planlose Zerstörungen.

Die Zeitung "Iswestija” wählte Kowaljow zum "Mann des Jahres 1994” und DIE ZEIT schlug den "Sacharow von Grosny” für den Friedensnobelpreis 1995 vor.

Am 17. September 1995 wurde ihm für sein Engagement gegen den Tschetschenien-Krieg der erste Internationale Nürnberger Menschenrechtspreis verliehen. Der ehemalige Präsident der Tschechischen Republik und Mitbegründer der Bürgerrechtsbewegung Charta 77, Václav Havel, ehrte ihn im Nürnberger Opernhaus mit der Laudatio.

Kowaljow war mit der Rechtsanwältin Ludmilla Jurjewna Boitsowa verheiratet. Das Paar hat einen Sohn Iwan und die Töchter Marija und Warwara.

„Wir trauern um einen unerschrockenen Streiter für die Menschen- und Bürgerrechte, der bis ins hohe Alter Stellung bezogen hat gegen Krieg, Autoritarismus und Gewalt. Wir werden ihm ein ehrendes Andenken bewahren“, betont Oberbürgermeister Marcus König. Kowaljow wurde nicht müde in seinem Engagement und prangerte wie bereits unter Boris Jelzin auch den zunehmenden Autoritarismus von Präsident Wladimir Putin an und bezeichnete das System in Russland als kontrollierte Demokratie. Noch bei seinem letzten Besuch im Jahr 2015 anlässlich des 20. Jahrestags der Verleihung des Internationalen Nürnberger Menschenrechtspreises beeindruckte er mit einer kämpferischen und inhaltsstarken Rede.

Im Alter von 91 Jahren verstarb Sergej Kowaljow am 9. August 2021.